Según el Convenio sobre Diversidad Biológica de Las Naciones Unidas, ratificado por Colombia mediante la Ley 165 de 1994, por biodiversidad se entiende "la variabilidad de los organismos vivos de cualquier frente, incluidos, entre otras cosas, los ecosistemas terrestres y marinos y otros ecosistemas acuáticos y los complejos ecológicos de los que forman parte". 

Colombia tiene una extensión continental de 114´174.800 hectárea, que representan aproximadamente 0,7% de la superficie continental mundial. En esta área se encuentra el 10% de la biodiversidad mundial, haciendo de Colombia un país "megadiverso". 

1) La localización altitudinal del país entre los dos trópicos

2) La variedad en condiciones edafoclimáticas que han llevado a una gran multiplicidad de espacios geográficos

3) La existencia de espacios aislados por levantamientos topográficos

Gran parte del territorio de Colombia incluye en biodiversidad dos "hotspot", los cuales se describen a continuación:

1. Hotspot Los Andes Tropicales: Se extienden hasta un altitud de 1000 metros sobre el nivel del mar donde limita Tumbes-Chocó-Magdalena. El amplio rango de altitudes de los Andes, con sus picos nevados, pendientes pronunciadas, cañones profundos y valles aislados, ha conducido a la evolución de una asombrosa diversidad de microhábitats y especies.

2. Hotspot: Tumbes-Chocó-Magdalena: Se extiende desde la porción más suroriental de Mesoamérica hasta la esquina noroccidental de Sur América. Contiene aproximadamente el 10% de la biomasa animal y vegetal de la tierra, cuenta con 55000 especies de plantas, con el 15% de las especies de primates, con el 18% de las aves y el 10% de los insectos.

Fuente: La biodiversidad: conceptos básicos y datos, Peter, S., Lentijo, G.

Principales amenazas:

1. Tráfico ilegal
2. Introducción de especies exóticas
3. Ampliación de la frontera agrícola
4. Transformación y fragmentación de hábitats
5. Cambio climático 

Andrade - C (2011)

Un total de 1503 especies serían objeto de comercio de acuerdo con los criterios de la Convención sobre el Comercio Internacional de Especies Amenazadas de Fauna y Flora Silvestres (CITES).  

• Parque Nacional Natural Amacayacu, departamento de Amazonas.
• Parque Nacional Natural Chingaza es un tesoro natural y cultural del centro de Colombia.
• Parque Nacional Natural El Cocuy. 
• Parque Nacional Natural Gorgona.
• Santuario de Fauna y Flora Iguaque.
• Parque Nacional Natural Los Nevados se localiza en el Eje Cafetero.
• Santuario de Flora y Fauna Otún Quimbaya, en el departamento de Risaralda.
• Parque Nacional Natural Sumapaz.

• Implementación de las convenciones internacionales: Convención de Diversidad Biológica CDB; Convención sobre el Comercio Internacional de Especies Amenazadas de Fauna y Flora Silvestres- CITES; Convención sobre los Humedales- RAMSAR.
• Desarrollo e implementación de planes de conservación que se convierten en documentos guía para que diferentes actores sociales puedan identificar qué papel desempeñan en la supervivencia de la especie o grupo de especie.
• Ministerio de Ambiente y Desarrollo Sostenible de la mano de los Institutos de investigación y la academia, en la construcción de nueva información y conocimiento sobre el estado actual de las especies.

Fuente: https://www.minambiente.gov.co/index.php/noticias/planes-de-accion-para-la-conservacion-de-especies-y-ecosistemas-herramientas-indispensables-en-la-conservacion-de-la-biodiversidad